Grundsätzlich gibt es zwei verschiedene Arten von Fahrten auf der Heidebahn: die Sonderfahrten und die Planverkehre. Erstere wurden in der Vergangenheit vom Förderverein „Berlin-Anhaltische Eisenbahn“ zu besonderen Anlässen in der Region, z. B. „Luthers Hochzeit“ durchgeführt. Die Planverkehre fahren – wie der Name schon sagt – nach einem regelmäßigen Plan und über einen längeren Zeitraum hinweg. Zuletzt gab es auf der Strecke keinen Planverkehr mehr.
Zuletzt wurde die Heidebahnstrecke im Sommer 2019 befahren. Von 2017 an gab es einen Sommerfahrplan, nach welchem die Heidebahn an Wochenenden als „RB 55“ zwischen der Lutherstadt Wittenberg und Eilenburg verkehrte – das erste Mal seit 1998 komplett auf dieser Strecke. Im Sommer 2017 nutzten 10.000 Fahrgäste dieses Angebot. In den Jahren zuvor war sie nur teilweise zwischen Wittenberg und Bad Schmiedeberg bedient worden – siehe „Was ist das Schmiedeberger Modell?“.
Ende 2019 wurde der Betrieb aufgrund von Mängeln auf der Strecke von der Eisenbahnaufsicht untersagt. Infolgedessen mussten auch die Sonderverkehre im Advent 2019 sowie im gesamten Jahr 2020 ausfallen.
Ab 2007 wurden die Züge der Heidebahn in Verbindung mit der Busverkehrsgesellschaft Vetter eingesetzt. Durch diese Kombination wurde eine Erhöhung der Fahrgastzahlen erreicht, weswegen das Land Sachsen-Anhalt zusagte, diese Form der Verkehre bis mindestens Ende 2010 weiter zu finanzieren. Dieser bisher einmalige bedarfsorientierte Ersatzverkehr für Busleistungen auf der Schiene wird als Schmiedeberger Modell bezeichnet, da die Züge damals nur zwischen Bad Schmiedeberg und Wittenberg verkehrten.
2014 wurde der regelmäßige Zugbetrieb auf der Heidebahn abbestellt, da laut des Nahverkehrsservices Sachsen-Anhalt zu wenige finanzielle Mittel zur Verfügung standen und die Fahrgastzahlen insbesondere am Wochenende und in den Ferien zu gering waren. Gegen diese Entscheidung regte sich heftiger Widerstand, es wurden 5000 Unterstützerunterschriften gesammelt und mehrere Politiker des Kreistages sprachen sich gegen eine Einstellung des Betriebes aus. Dennoch kam es dazu, dass der Verkehr auf der Heidebahn ein Ende hatte.
Jedoch ist die heutige Initiative nicht mit der von 2014 zu vergleichen. Damals betraf der Erhalt der Heidebahn nur den Teil der Strecke zwischen Wittenberg und Bad Schmiedeberg – also quasi nur die Hälfte, ohne Bad Düben und Eilenburg. Da die Heidebahn auf diese Weise aber nicht finanzierbar ist, wurde sich nun länderübergreifend mit vielen Akteuren aus Politik, Wirtschaft, Nahverkehrsgesellschaften und Interessenverbänden zusammengesetzt, um sie wieder als Ganzes auf die Schiene zu bringen, wodurch sie eine noch größere Wirkung entfalten würde. Für eine Reaktivierung sprechen außerdem die vielversprechenden Fahrgastzahlen im Sommer 2017, welche sicher bei einem längerfristigen Betrieb der Heidebahn noch steigen würden.
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